Thủy văn của cửa biển này có tác động làm sạt lở bờ phía Nam Định trong khi bồi lên bên phía Thái Bình. Tình trạng này vào thế kỷ 21 thì chính con người đã góp phần gây thêm thiệt hại vì nạn hút cát trái phép.[6][7]

Việc phá rừng ngập để làm ao nuôi tôm, cá, ngao[8] và tăng gia diện tích canh tác cũng đã gây thiệt hại môi sinh song nhận thức được nguy cơ này đã giúp việc thành lập Vườn quốc gia Xuân Thủy năm 2003 giúp phục hồi hệ sinh thái rừng ngập dưới công ước quốc tế Ramsar.[9]